太湖蓝藻水华主要是微囊藻属水华,主要包括:水华微囊藻(M. flos-aquae)、鱼害微囊藻(M. ichthyoblabe)、铜绿微囊藻、惠氏微囊藻(M. wesenbergii)、片状微囊藻(M. panniformis)等优势种类。除此之外,水华种类还包括鱼腥藻(Anabaena)、浮丝藻(Planktothrix)和束丝藻(Aphanizomenon)。在太湖水体生态系统中,共发现8个门类的藻类,分别是蓝藻,绿藻,硅藻,隐藻,甲藻,金藻,裸藻和黄藻门。这些藻类对于维系太湖水体生态系统具有重要的作用和意义。